Pelayanan Perkantas di NTT di mulai dari Kupang, diawali oleh komitmen dr. Marthen Koamesah dan Drs. Mess Ay yang sedang kuliah di Malang untuk merintis pelayanan mahasiswa di kota ini. Setelah lulus, Mess Ay dan Herry Lalel pada tanggal 18 Desember 1988 memulai pelayanan dengan mengadakan persekutuan mahasiswa yang dihadiri 20 orang. Beberapa alumni turut bergabung sehingga persekutuan ini semakin berkembang.

     Pada tahun 1989 dibentuk Badan Pengurus Perwakilan (BPP) Perkantas Kupang pertama yang diketuai oleh dr. Marthen Koamesah. Pelayanan semakin berkembang dan kemudian pelayanan PSK (Persekutuan Siswa Kristen) pun dirintis pada tahun 1990. Sekolah-sekolah yang dijangkau antara lain SPK (Sekolah Perawat Kesehatan), Sekolah Pengatur Rawat Gigi (SPRG) dan Sekolah Menengah Farmasi (SMF), dan pada tahun 1992 PSK Kota Kupang diresmikan. Setelah itu pada tahun 1993 berdiri PMK Akper (Persekutuan Mahasiswa Kristen Akademi Keperawatan).

     Jumah anggota PSK dan PMK terus berkembang dan mengalami pertumbuhan. Tetapi jumlah tenaga yang melayani masih terbatas. Pendampingan pun dilakukan oleh Perkantas Jatim (Jawa Timur) dengan Travelling Staf secara rutin 2 kali dalam setahun, yaitu bulan April dan Oktober. Staf-staf Perkantas Jatim yang terus memberikan pendampingan di awal perintisan Perkantas Kupang adalah Kak Harry Limanto dan Kak Iis Achsa. Banyak pembekalan dan pembinaan yang dilakukan setiap kali travelling baik untuk board maupun pengurus-pengurus PSK dan PMK juga para AKTB (Anggota Kelompok Tumbuh Bersama).

     Pada tahun 1993 Djiwantoro Hardjito yang baru selesai studi menggantikan dr. Marhten Koamesah yang akan melanjutkan studi sebagai ketua BPP. Pada masa kepengurusannya bergabunglah beberapa dokter PTT yang pernah di bina antara lain drg. Hilda Suherman, drg. Herlina Susanto, drg. Lanny  Ariyani dan dr. Magda Tobing. Dengan bergabungnya mereka, pelayanan semakin tertata. PSK-PSK yang sudah di rintis semakin baik pembinaannya. Kemudian pada tahun 1995 dibentukklah Persekutuan Kristen Antar Alumni yang diketuai oleh Drs. Alfred Fina.

     Pada tahun 1996 Imanuel Meok, mantan ketua PMK Kupang menyerahkan diri menjadi staf. Pada tahun yang sama PMK Kupang merintis PMK UMK dan PMK Unkris. Kemudian pada tahun 1998 Elisabeth Mandala, SE menggantikan Djiwantoro Hardjito sebagai ketua BPP, karena Kak Djiwantoro mempersiapkan diri untuk melanjutkan studi. Pada tahun ini juga terintislah pelayanan di beberapa daerah di NTT antara lain Soe dan Alor.

     Tahun 1998 Senny Pellokila menggantikan Imanue Meok  yang melanjutkan studi teologia, sebagai staf fulltime. Selain itu, di tahun yang sama Sarlotha Toelle bergabung di Perkantas Kupang sebagai staf siswa. Kemudian pada tahun 1999 dilakukan perintisan pelayanan di Atambua dan Waingapu. Tahun 2000-2001, pelayanan kota-kota lain pun mulai dirintis yaitu Rote dan Kefa. Bersyukur karena Tuhan terus membukakan kesempatan untuk perintisan di kota-kota lain di NTT yaitu tahun 2005 perintisan pelayanan Perkantas Waikabubak. Tahun 2006 saat Kamp Regional Alumni (KRA) Perkantas Jatim yang berlangsung di Kupang merupakan momentum di mana BPP Perkantas Kupang beralih status menjadi BPC (Badan Pengurus Cabang) Perkantas NTT.  Pelayanan di NTT terus berkembang dengan dirintisnya lagi pelayanan di kota Waibakul (Sumba Tengah) pada tahun 2011 dan perintisan 1 kelompok PA (Pendalaman Alkitab) Alumni di Maumere tahun 2012.

     Perjalanan tidak selalu mulus. Banyak tantangan dan kendala yang dihadapi baik dari dalam maupun dari luar. Tetapi kami percaya Tuhan akan tetap menolong. Harapan kami ke depan adalah setiap alumni yang kami bina akan memberikan dampak bagi kota kami masing-masing dan secara organisasi Tuhan terus memperlengkapi para staf dan board untuk melayani serta kebutuhan pelayanan akan terus tercukupkan.